La organización del Cuerpo de Ingenieros del Ejército, de conformidad con la Orden General del Ejército No. 08-2004 de fecha 01 de julio de 2004, quedó autorizada en la forma siguiente:
- Un Segundo Comandante
- Un Tercer Comandante
- Un Oficial de Personal
- Un Oficial de Inteligencia
- Un Oficial de operaciones
- Un Oficial de Logística
- Un Oficial de Relaciones Civiles Militares
- Una Compañía de Apoyo de servicios
- Un Batallón de Ingenieros de Construcción, compuesto por tres (3) Compañías
- Un Batallón de Zapadores compuesto por dos (02) compañías
